合全药业退出新三板的原因主要有以下几点：

1. 市场环境的变化：新三板是中国证券市场的创新板块，但由于其流动性较差、信息披露要求较高等原因，导致新三板市场的交易活跃度较低。合全药业可能认为在新三板市场上融资或者进行股权转让较为困难，无法满足公司的发展需求。

2. 资本市场改革：中国资本市场一直在进行改革，其中包括新三板市场的改革。新三板市场改革的目的是为了提升市场的流动性和投资者保护水平，但这些改革可能会对公司的运营和发展带来一定的挑战。合全药业可能认为在新三板市场继续停留不利于公司未来的发展。

3. 上市计划：合全药业可能已经制定了上市计划，并决定选择其他更适合的市场进行上市。相比于新三板市场，主板市场或者创业板市场具有更高的市场流动性和更广泛的投资者基础，这对于公司的融资和发展更有利。

需要注意的是，关于合全药业退出新三板的具体原因，还需要参考公司公告、相关报道或者行业内的分析评价来获取更准确的信息。